Obec patrně vznikla jako rybářská osada na přelomu 12. a 13. století. V roce 1345 koupil městečko spolu s dalšími vesnicemi od kláštera v Hradišti Markvart ze Zvířetic. V roce 1497 byl Bakov povýšen na město. Po pánech ze Zvířetic se majiteli panství stali Sezimové z Ústí a v roce 1528 Vartemberkové. V roce 1623 panství koupil jako pobělohorskou konfiskaci Albrecht z Valdštejna a Valdštejové zde vládli až do roku 1848.